یکی از تحولات عمده در نوشتن قانون جدید آب، توجه به مدیریت حوضه‌ای به جای مدیریت استانی است. در سال‌های بعد از تصویب خواست وزارت نیرو در سپردن قدرت بیشتر شرکت‌های آب استانی در مدیریت منابع سطحی و زیرزمینی، وضعیت آبی کشور به قهقرا رفته است. پدید آمدن اختلافات عمده میان مدیران آب استان‌های همجوار، به‌ویژه بعد از اعتراضات مردمی به طرح‌های انتقال آب و آگاهی بیشتر از نحوه مدیریت آبی در کشورهای پیشرفته دنیا، باعث شد که نویسندگان پیشنویس بعد از برگزاری کارگاه‌های آموزشی به‌وسیله نمایندگانی از اتحادیه اروپا در مورد نقش کمیسیون‌های حوضه‌های رودخانه‌ها، این بخش را در قانون جدید آب جدی بگیرند.
با این حال، مشاهده ترکیب کمیسیون‌ها یادآور ترکیب و نحوه عملکرد شورای عالی آب است، منتهی در مقیاسی کوچک‌تر. یکی از مشکلات عمده موجود، ساختار تصمیم‌گیری در مدیریت آب کشور است. تصمیم‌گیری از بالا به پایین بدون در نظر گرفتن منافع واقعی مردم و محیط زیست، آسیب‌های غیرقابل جبرانی به منابع آب در حوضه‌ها وارد کرده است که آثار آن را شهروندان و روستائیان به‌وضوح مشاهده می‌کنند، اما برخی از پروژه‌ها می‌توانند آثار منفی بلندمدت‌تری بر جای بگذارند که به ضرر پوشش گیاهی، حیات وحش و آبخوان‌ها تمام خواهد شد.
یکی از کارشناسان آشنا با نحوه تنظیم پیشنویس قانون می‌گوید که «کمیسیون تعریف شده در ایران‌تقریبا تماماً دولتی است و دو نفر تشکل‌های محیط زیست و کشاورزی را یکی رییس سازمان محیط زیست و دیکری وزیر جهاد کشاورزی معرفی می کند.» به گفته این فرد مطلع، کمیسیون‌های کشورهای اتحادیه اروپا «متشکل از یک سوم ذینفعان مثل کشاورزان یا صنایع آب‌بر و یک سوم از ذیمدخلان مانند تشکل‌های محیط زیستی، نمایندگان شهرها و شوراها و شهرداری‌ها و یک سوم از سازمان یا شرکت حوضه هستند که دولتی است»، چیزی که در قانون جدید آب عملا رعایت نشده است.
به این ترتیب، قانون جدید آب با وجود اینکه تحول در مدیریت بخش آب را دنبال می‌کند، اما باز هم دموکراتیک نیست و با کپی-پیست ناقص از طرح‌ها و قوانین کشورهای پیشرفته، بازتولید سیستم «تصمیم‌گیری از بالا» است.
قانون مذکور بدون توجه به خواست ذینفعان و ذیمدخلان، در عمل سهم کامل را به دولت داده است و دولت نیز در طی چند دهه گذشته، خواست پیمان‌کاران بزرگ و شرکت‌های مشاور با نفوذی مثل مهاب قدس را با بخشش بودجه به پروژه‌های آنان عملی کرده است.
همچنین، آن دسته از نهادهای محیط زیستی نیز که وظیفه‌شان نظارت بر وضعیت منابع طبیعی و گزارش دادن به مردم و نهادهای بین‌المللی است، عملاً سهمی در کمیسیون‌ها نخواهند داشت.
به‌گفته یک فعال محیط‌زیست، این کمیسیون‌ها درست مانند شورای عالی آب، با مصونیت کامل به دنبال ایجاد شرایط مالی مستحکم برای شرکای وزارت نیرو خواهند بود و سازمان حفاظت محیط زیست و وزارت جهاد کشاورزی و در نهایت ذینفعان نیز تماشاگران این «آب-بازی» هستند.