با تشکیل شورای عالی آب در سال ۱۳۸۱، بسیاری امیدوار بودند وضعیت منابع آب کشور سر و سامان پیدا کند، اما نتیجه تداخل دستگاه‌های مختلف، نابسامانی مفرطی بوده که بخشی از مشکل مدیریتی آب کشور نتیجه آن بوده است. این تفسیر مرکز پژوهش‌های ریاست جمهوری است نه مخالفان وزارت نیرو و کسانی که به مجموعه‌هایی چون قرارگاه خاتم‌الانبیا و مهاب قدس و آب و نیرو خرده می‌گیرند. با آنکه این شورا در نهایت مجری اوامر رئیس جمهوری است و رئیس دولت باید مسوولیت تصمیم‌گیری‌های شورا را بپذیرد، اما بالاترین مقام اجرایی هیچگاه به خاطر این شورا پاسخگو نبوده است.
بر اساس تحلیل مرکز پژوهش‌ها، شورا که برپایه ماده ۱ قانون تشکیل جهاد کشاورزی مصوب سال ۱۳۸۱ مجلس با هدف «هماهنگیِ سیاست‌گذاری در زمینه تأمین، توزیع و مصرف آب کشور» تشکیل شد، در دوران احمدی‌نژاد دچار و«یک دوره رخوت» شد. بعداً در دولت روحانی فعال شد اما فعالیتش در عمل به‌جای ایجاد هماهنگی میان دستگاه‌های اجرایی در مورد مدیریت آب، به بحران مدیریتی به‌خاطر تداخل مسوولیت‌ها تبدیل شد. وزارت‌خانه‌های نیرو و جهاد کشاورزی و سازمان حفاظت محیط زیست که بر اساس قانون سال ۸۱ می‌بایستی تحت چارچوب شورا وضعیت آب را بهبود بخشند، در بسیاری از امور دچار تداخل شدند.
شورای عالی آب هنوز نتوانسته برنامه‌ای مدون و پایدار برای مدیریت خشک‌سالی و سیلاب‌های کشور تنظیم کند و با وجود فرصت‌های بسیار برای بهبود آبخوان‌ها، سفره‌های آب زیرزمینی به خاطر عدم مهار منطقی سیلاب‌ها و برداشت بیش از حد دچار کسری شدید شده‌اند. سدسازی و انتقال آب جزو اهداف ویژه شورا بوده است.
از زمان آغاز به‌کار شورا، قوانینی وضع شدند که نتیجه‌ای جز پسرفت مدیریت منابع آب نداشتند. استانی شدن مدیریت آب به جای مدیریت حوضه‌ای و منطقه‌ای، استان‌های مختلف را هم در مقابل یکدیگر قرار داد. در دولت‌های یازدهم و دوازدهم نیز تصمیم‌های شورا بدون توجه به موقعیت حوضه‌ها احیای طرح‌های انتقال آب از حوضه کارون به بخش‌های از استان‌های درون محدوده حوضه فلات ایران مرکزی یعنی یزد، کرمان، اصفهان و قسمت‌هایی از فارس را دنبال کرد.
وجود شورا در طول ۱۸ سال گذشته، با ورشکستگی آبی ایران مترادف بوده است.
آب‌نیوز در سلسله یادداشت‌هایی به بررسی عملکرد شورا خواهد پرداخت.