برداشت آب از صدها هزار چاه غیرمجاز تضمین کننده آینده‌ای ترسناک برای نقاط مختلف کشور است.
در طول حضور حسن روحانی در ساختمان ریاست جمهوری، دولت به‌جای سرمایه‌گذاری روی تغذیه سفره‌های آب زیرزمینی و نجات دشت‌ها از نشست، با تزریق بودجه به پروژه‌های مخرب محیط زیست به طور مستقیم و غیرمستقیم، قاتل آبخوان‌های کشور بوده است. متهمان این قتل شبه عمد، وزارت‌خانه‌های نیرو، جهاد کشاورزی و پیمان‌کاران بزرگ و شرکت‌های مشاوری هستند که سازمان حفاظت محیط زیست نتوانسته مانعی بر سر جنایت زیست‌محیطی‌شان ایجاد کند.
نجات بسیاری از آبخوان‌ها امکان پذیر است. بیش از ۱۴/۸ میلیون هکتار از عرصه‌های مناسب آبخوان‌داری و تغذیه مصنوعی از سوی کارشناسان دولت شناسایی شده، اما اجرای طرح‌های تغذیه مصنوعی به خاطر خواست و برنامه وزارت نیرو در پیشبرد پروژه‌های سدسازی و انتقال آب به تعویق افتاده است. برخی از مدیران دولت، فقدان بودجه را عامل عقب افتادن اجرای طرح‌های تغذیه مصنوعی آبخوان‌ها عنوان کرده‌اند، با این حال در طول هفته‌های اخیر دولت روحانی طرح‌های متعددی را در زمینه مدیریت آب‌های سطحی و انتقال آب افتتاح کرده است. راه‌اندازی این طرح‌ها در زمانه کسری بودجه و امکانات در نقاط مختلف کشور نشان می‌دهد که برخی پروژه‌های عمرانی حتی در سخت‌ترین لحظات هم از حمایت‌های ویژه بهره‌مند می‌شوند. با این حال، شواهدی در دست است که مدیریت مالی برخی از شرکت‌های قدرتمند حوزه آب ممکن است پایداری برخی از طرح‌ها را به خطر اندازد.
با وجود آنکه نزدیک به ۶۰٪ منابع آب مورد استفاده از سفره‌های آب زیرزمینی تامین می‌شود، دولت روحانی بیشترین تلاش را برای ایجاد و پیشبرد طرح‌های مدیریت آب سطحی به کار گرفته است. این در حالی است که بنا به گفته برخی مدیران و مشاوران دولت، در صورت سرمایه‌گذاری و اجرای پروژه‌های جمع‌آوری سیلاب بر پهنه‌های مخروط‌های افکنه، سالانه می‌توان نزدیک به ۴۰ تا ۵۰ میلیارد متر مکعب آب هرز-رو را در آبخوان‌های کشور ذخیره و کسری سفره‌ها را جبران کرد.
مقام‌های دولت بارها با ارائه ارقام متفاوت ادعا کرده‌اند که بین ۳۰۰ هزار تا ۴۳۰ هزار چاه غیرمجاز در کشور وجود دارد. سیاست‌های بخش کشاورزی دولت در چهار دهه اخیر مبتنی بر تشویق کشاورزان به افزایش سطح کشت کالاهایی چون گندم و برنج باعث شده که کسری آبخوان‌ها بیش از پیش افزایش یابد. هم‌اکنون در ۱۷ استان کشور برنج کاشت می‌شود در حالی‌که تنها کاشت این محصول در استان‌های گیلان و مازندران قانونی است.
همچنین، وجود موتور پمپ‌ها و چاه‌های بی‌شمار در مناطق مختلف کشور از عوامل مرگ تردیجی آبخوان‌ها به حساب می‌آید. به هم خوردن تعادل آب‌های سطحی و آبخوان‌ها در دهه‌های اخیر در حوضه‌هایی نظیر دریاچه ارومیه به خوبی قابل مشاهده است که به تاخیر احیای دریاچه هم انجامیده، در زمانی که هنوز ده‌ها هزار چاه در این محدوده فعال هستند. دولت بارها ادعا کرده که چاه‌های غیرمجاز را تعطیل خواهد کرد، اما به دلایل مختلف از جمله مشکلات معیشتی کشاورزان این مهم رنگ واقعیت به‌خود نگرفته است.
با توجه به سیاست‌های دولت‌های بعد از انقلاب با هدف دست‌یابی به خودکفایی بدون توجه به میزان آب مصرفی، دولت متهم اصلی نابودی آبخوان‌های کشور است. نخستین راه چاره نیز توقف اجرای سیاست‌های اشتباه تولید غذا و تغییر سیاست‌های مدیریت آب است، اما دولت خود بزرگ‌ترین مانع بر سر منطقی شدن حکمرانی و مدیریت آب در ایران است. هنوز بعد از چند دهه حاکمیت جمهوری اسلامی، طرح جامع آب متناسب با شرایط اقلیمی و جمعیتی وجود خارجی ندارد و فقدان مدیریت یک‌پارچه آب و خاک ضمن فراهم آوردن شرایط تخریب خاک، به از دست رفتن آب‌هایی که می‌توانستند درون آبخوان‌ها ذخیره کنند منتهی شده است. عدم مشارکت مردم در تصمیم‌گیری‌ها و تدوین طرح‌ها و قوانین آبی، دولت و مدیران ارشد را تبدیل به متهمان اصلی کرده است.
دولت متهم اصلی نابودی آبخوان‌های کشور است. سیاست‌های غلط آبی و کشاورزی و نبود نظارت و فقدان دموکراسی و پاسخ‌گویی کشور را به نقطه‌ای برگشت ناپذیر نزدیک کرده است.